Geplant sind 67 Notenbände (mit eingebundenen Kritischen Berichten), die in 10 Serien eingeteilt sind. Dabei enthalten die Serien I (Orchesterwerke), II (Kammermusik) und V (Chorwerke) in einer jeweiligen Unterabteilung (IA, IIA und VA) auch die von Brahms selbst angefertigten Klavierbearbeitungen (Klavierauszüge bzw. Klavierarrangements für ein oder zwei Klaviere zu vier Händen) der entsprechenden Originalwerke.
Serie I: Orchesterwerke (10 Bände)
- Bände 1–4: Symphonien
- Band 5: Serenaden
- Band 6: Ouvertüren, Haydn-Variationen, Ungarische Tänze in der Orchesterfassung
- Bände 7–10: Konzerte
Serie IA: Klavierbearbeitungen der Orchesterwerke (7 Bände)
- Bände 1–3: Symphonien
- Band 4: Serenaden und Ouvertüren
- Bände 5–7: Konzerte
Serie II: Kammermusik (9 Bände)
- Bände 1–3: Werke ohne Klavier
- Bände 4–9: Werke mit Klavier
Serie IIA: Klavierbearbeitungen der Kammermusikwerke (4 Bände)
- Bände 1–3: Streicherkammermusik
- Band 4: Klavierquartette
Serie III: Klavierwerke (7 Bände)
- Band 1: Werke für zwei Klaviere
- Bände 2–3: Werke für Klavier zu vier Händen
- Bände 4–6: Werke für Klavier zu zwei Händen
- Band 7: Studien, Kadenzen
Serie IV: Orgelwerke
Serie V: Chorwerke (7 Bände)
- Bände 1–5: Chorwerke mit Orchester
- Bände 6–7: Chorwerke a cappella (geistlich, weltlich)
Serie VA: Klavierbearbeitungen der Chorwerke (4 Bände)
Serie VI: Mehrstimmige Gesangswerke mit Klavier oder Orgel (3 Bände)
- Bände 1–2: Chorwerke und Vokalquartette
- Band 3: Duette
Serie VII: Einstimmige Lieder mit Klavierbegleitung (6 Bände)
Serie VIII: Volksliedbearbeitungen und Vokalkanons (2 Bände)
Serie IX: Bearbeitungen von Werken anderer Komponisten (Auswahl, 6 Bände)
- Bände 1–2: Instrumentalmusik: Bearbeitungen für Klavier
- Bände 3–6: Vokalmusik: Generalbassaussetzungen; Klavierauszug und Instrumentation von Vokalwerken Franz Schuberts; Aufführungsfassungen von ausgewählten Bach-Kantaten
Serie X: Supplement
- Varia, unidentifizierte Skizzen, Aufstellung der nachweislich verlorengegangenen Werke und Bearbeitungen, Register, Konkordanzen, Nachträge, Corrigenda